Hội thảo tại IFI tuần này, thứ Năm ngày 14/3/2013

Tuần này, tại IFI diễn ra hội thảo nghiên cứu chủ đề «Epidémiologie moléculaire et métagénomique à haut débit sur la grille » do Tiến sỹ Doãn Trung Tùng trình bày

Ngày: Thứ Năm ngày 14/3/2013

Thời gian: 14h

Trình bày : Tiến sỹ Doãn Trung Tùng - phòng nghiên cứu MSI, bảo vệ luận án tiến sỹ vào tháng 11/2012

Tóm tắt

Chủ đề: Epidémiologie moléculaire et métagénomique à haut débit sur la grille 

Notre objectives se concentrent sur l’étude et le développement de plates-formes et d’outils bioinformatiques sur la grille et le développement des applications à l’épidémiologie et l’écologie moléculaire basés sur ce (ces) outils et plates-formes.

Basés sur les étudiés des plates-formes et des outils bioinformatiques existantes, nous proposons notre solution : une plate-forme ainsi qu’un portail d’épidémiologie moléculaire et métagénomique à haut débit sur la grille. L’idée principale de notre plate-forme est de simplifier les soumissions des jobs sur la grille via les jobs pilots (les jobs génériques qui peuvent contrôler et lancer les tâches réelles différentes) et le modèle PULL (les tâches sont récupérés et exécutés automatiquement). Il y a d’autres plates-formes qui ont les approches similaires mais notre plate-forme concentre sur la simplicité et le gain de temps de soumission des jobs. Les outils bioinformatiques choisis pour déployer dans la plate-forme sont les outils populaires qui peuvent être utilisés dans beaucoup d’analyses bioinformatiques. Nous appliquons un moteur de workflow dans la plate-forme pour que les utilisateurs puissent faire les analyses plus faciles. Notre plate-forme peut être vue comme un système généralisé qui peut être appliqué à la fois la surveillance épidémiologique et la métagénomique dont deux cases de utilisation sont déploie et testé sur la grille.

La première case de utilisation est de surveiller la grippe aviaire. L’approche de cette application est de fédérer les données de séquences de la grippe et fournir aux épidémiologistes un portail avec les outils de la grille pour faire les analyses sur ces données. La deuxième case de utilisation est d’appliquer la puissance de la grille dans l'analyse de l'amplicon à haut débit. Dans cette case, nous prouvons l’efficacité de la grille en utilisant notre plate-forme pour gridifier une application déjà existé.  

Venez nombreux!